Natalija Stanković je završila osnovne i master studije Muzičke teorije na Fakultetu muzičke umetnosti u Beogradu. Školovanje nastavlja na Akademiji za operu u Veroni (Verona Accademia Per L’Opera Italiana) na master studijama iz Operske režije.

Kao asistent režije radila je u okviru Operosa festivala u Crnoj Gori, u Teatro Filarmonico di Verona (Italija), Abaj državnoj akademskoj operi i baletu (Kazahstan), Teatro Comunale di Bologna (Italija), Jerusalem Lyric Opera Studio (Izrael) i na festivalu Ente Luglio Musicale Trapanese (Italija). Završila je praksu u okviru Operskog festivala Arena di Verona 2018. godine. Asistirala je istaknutim operskim rediteljima Marini Bjanki, Lorencu Marijaniju, Alesiju Piceku, Martinu Lojd-Evansu, latvijskoj glumici Reziji Kalnini itd. Režirala je operu Džumbus Milice Ilić 2019. godine u okviru projekta Young@Opera Kreativne Evrope i Fondacije Operosa, kao i operu XX (monoopera za šizofreni glas i napete žice) iste kompozitorke. Od 2021. godine polaznik je projekta Opera: Past, Present, Perfect! u organizaciji Muzičko opersko teatarske organizacije MOTO u okviru kog je ko-režirala operu Dečja soba Milenka Živkovića izvedenu na zatvaranju BEMUS-a 2021. godine. Opera je postala stalni deo repertoara Malog pozorišta Duško Radović, izvođena je širom zemlje i dobitnik je nagrade ,,Muzika klasika” i specijalne nagrade MP Duško Radović. U ko-produkciji MOTO-a i MP Duško Radović Natalija je režirala operu Bendžamina Britna Hajde da pravimo operu/Mali dimničar, takođe nagrađenu specijalnom nagradom MP Duško Radović. Posvećena je saradnji sa savremenim srpskim kompozitorima u šta se ubraja i režija kamerne opere Čista voda kompozitorke Olge Janković (nagrađena nagradom grada Beograda 2022. godine) u produkciji MOTO-a, a zatim i režija operete Iza operskih kulisa kompozitorke Vere Milanković u koprodukciji Doma kulture Studentski grad i Umetničkog ansambla Stanislav Binički.

Krajem 2023. režirala je inkluzivnu predstavu Bajka o Titiriji, a krajem 2024. i interaktivnu inkluzivnu predstavu Krug vile Dobrile. Njene predstave se tri godine za redom izvode na Mokranjčevim danima u Negotinu (Dečja soba, 2022; Hajde da pravimo operu/Mali dimničar, 2023; Iza operskih kulisa, 2024).
Natalija je aktivan član Muzičko opersko teatarske organizacije MOTO i, pored drugih projekata u kojima učestvuje, vodi režijske radionice za mlade operske pevače u okviru Letnje operske škole od 2022. godine.

U aprilu 2024. godine izabrana je za jednog od jedanaest polaznika Bridž mentorskog programa iz celog sveta (The Bridge Mentorship programme) u organizaciji Kreativnog mentorstva i započela je rad pod mentorstvom Brigite Gilesen, direktorke Dečje opere u Kelnu. Doktorand je na Fakultetu muzičke umetnosti u Beogradu, gde radi i kao istraživač- pripravnik.